واحد سیستم‌ها و روش‌ها مسئولیت طراحی و تدوین ساختارها و فرآیندهای انجام کار، برنامه‌ریزی براساس اهداف بلندمدت (استراتژیک) و کوتاه‌مدت (عملیاتی)، پایش و کنترل عملکرد و شناسایی نقاط قابل بهبود در عملکرد سازمان را برعهده دارد. این واحد از سه زیر حوزه زیر تشکیل شده است: حوزه فرآیندها و سیستم‌ها: این حوزه مسئولیت طراحی و به روزنگهداری فرآیندها و سیستم‌های سازمان را برعهده دارد. حوزه برنامه‌ریزی و کنترل پروژه: این حوزه مسئولیت تبدیل برنامه استراتژیک سازمان به پروژه‌های عملیاتی و کنترل نحوه اجرای پروژه‌ها را برعهده دارد. حوزه تضمین کیفیت: این حوزه مسئولیت پایش و کنترل شاخص‌های کلیدی و عملکردی سازمان و همچنین میزان رضایت‌مندی ذیربطان خارجی از خدمات ارائه شده به منظور دستیابی به نقاط قابل بهبود در عملکرد سازمان را برعهده دارد. از مهم‌ترین شاخص‌های عملکردی سازمان شاخص رضایت ذیربطان خارجی است که از طریق انجام نظر سنجی‌های مستمر از ذیربطان اصلی است که با همراهی داوطلبان انجام می‌شود. ذیربطان خارجی سازمان شمال بیمار و همراهان ایشان، نیکوکاران، داوطلبان، شرکت‌های ارائه‌دهنده خدمات/ محصول، شرکت‌کنندگان در کمیته استخدام/ خداحافظی است. این فعالیت توسط نظرسنجی تلفنی صورت گرفته و خروجی نظرسنجی‌ها گزارشاتی است که جهت ارائه اطلاعات و تصمیم‌‌گیری به مدیران سازمان و مدیرعامل ارجاع می‌شود.